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今日だけで4回再インストールしました。
結局、原因はわからないままですが、なぜか今は問題無く動いています。
D1仕様S15のデータが悪さをしている気もしますが、明らかに挙動がおかしいというだけで、確定ではないです。
今は性能を元の車のままにして、見た目のみシルビアになっています。